Description

L'UE Pratiques de laboratoire permet à l'étudiant de découvrir le travail en laboratoire de biologie. A travers plusieurs séances de TP, l'étudiant sera capable d'être autonome sur des manipulations usuelles en laboratoire de biochimie (dosage spectrophotométrique), de microbiologie (dénombrement cellulaire et identification bactérienne) et biologie moléculaire (digestion plasmidique et électrophorèse).

Afin de consolider les acquis et préparer ces séances de TP, des cours magistraux (CM) et des séances de TD permettront à l'étudiant d'avoir une vue d'ensemble sur les techniques de laboratoire, des techniques historiques jusqu'aux dernières techniques modernes.
Des vidéos de présentation pour chaque séance de TP seront mises à disposition de l'étudiant sur Moodle pour se préparer et optimiser son temps lors de la séance.

Les thématiques abordées lors de cette UE sont les suivantes :
- Métrologie : nomenclature d’écriture, présenter des calculs, notions d’erreur de mesure, fidélité, justesse
- Culture cellulaire : analyser la composition d’un milieu de culture, méthodes de dénombrement (turbidimétrie, hématimètre, étalement)
- Identification bactérienne : caractères macroscopiques et microscopiques (Gram, état frais, marquage spore…), milieux sélectifs et/ou différentiels, test enzymatiques (catalase, oxydase). Identification génotypique (hybridation, comparaison séquences…)
- Caractérisation biomolécules et dosage : principe spectrophotométrie, dosage ADN et protéines (Bradford, A280, A260). Solubilité et précipitation, notion de charge et pH, tableau de charges.
- Manipulation des acides nucléiques : Digestion/ligation, électrophorèse, blot, microscopie, PCR/RT-PCR, séquençage de l’ADN
- Manipulation des protéines : méthodes de lyse cellulaire, électrophorèse de protéines (natif et SDS), Western blot, microscopie (IF et fusion GFP). Notion de séquençage et cristallographie.
- Chromatographies : Principe général, CCM et colonne, détails sur échanges d’ions et gel filtration.
- Immunologie au laboratoire : anticorps (structure, production), utilisation en biochimie (Western, ELISA, immunochromatographie, IP), sérotypages, immunothérapie.

Compétences requises

Les connaissances du 1er semestre de licence seront indispensables pour avoir les bases de la biologie et les appliquer aux techniques de laboratoire.
La maitrise de calculs simples, à base de puissance de dix, sera également nécessaire.

Compétences visées

Réaliser des calculs usuels en laboratoire (dilution, changement d’unité…) : CM, TD, TP
Maitriser la métrologie de base (justesse, fidélité, erreur de mesure, présentation d’un résultat de mesure, incertitude de mesure) : CM, TD, TP
Maitriser les bonnes pratiques de laboratoire : TP
Travailler en condition aseptique : TP
Avoir une vue d’ensemble des méthodes utilisées en laboratoire de biologie : CM, TP
Réaliser une identification bactérienne avec différents tests en macro-galerie : TD, TP
Réaliser un dosage indirect colorimétrique (méthode de Bradford) : CM, TD, TP
Réaliser un dénombrement direct en hématimètre, ou indirect par étalement sur gélose : CM, TD, TP
Réaliser une digestion plasmidique, et analyser un profil de restriction sur gel : TD, TP

Disciplines

• Biochimie et biologie moléculaire
• Biologie cellulaire

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement

• Sylvain Debard