À la suite de sa formation initiale en odontologie, Pierre-Yves GEGOUT développe un intérêt soutenu pour la parodontologie. Dès l’obtention de sa thèse d’exercice, il choisit de se spécialiser dans cette discipline en intégrant, en 2019, le Diplôme Universitaire de parodontologie clinique à la Faculté de chirurgie dentaire de Strasbourg. Pendant trois ans, il y acquiert les compétences nécessaires à une pratique clinique exigeante, notamment dans la prise en charge de cas complexes en parodontologie et implantologie. Il complète cette formation par l’obtention du Certificat d’Études Supérieures de Parodontologie en 2021.
Sur le plan clinique, il assure la prise en charge de patients atteints de pathologies parodontales et péri-implantaires sévères, tout en participant à l'encadrement des étudiants. Il s’investit également dans la consultation spécialisée dédiée à l’halitose, spécificité strasbourgeoise, qu’il contribue à faire évoluer en participant au développement des protocoles diagnostiques et thérapeutiques. Dans le prolongement de cette activité, il conduit actuellement un projet de recherche clinique visant à exploiter les outils d’analyse des gaz buccaux afin de mettre au point une approche innovante de diagnostic à distance de cette pathologie.
Parallèlement, au sein du laboratoire Inserm UMR1260, ses recherches portent sur le rôle des vésicules extracellulaires dans le développement des parodontites. Il élargit également ses travaux à d’autres thématiques, adoptant une approche croisant recherche fondamentale et clinique, dans le but d’approfondir la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement des maladies parodontales